传统治理方式通常需要异地处理、工程量大、施工复杂。污水利用专用污水运输车运送至污水处理厂，由污水处理厂进行协同处理；底泥需进行挖出后进行处理；同时藻类和浮草需持续打捞外运。又累又耗时，异地处理的工程量巨大，施工方式复杂。
生物治理方式直接原地处理，工程量小、施工简单。水体采用污水治理专用益生菌进行处理；底泥采用改性填料+底泥治理专用益生菌进行处理；藻类和浮草随着水中富营养物质减少会逐渐减轻至可忽略。施工简单到能省大半人力。
传统治理方式通常治理周期长，见效慢，有的需要几个月甚至跨年才能治理完成，着急解决污染问题的水体，哪儿耗得起这么久的周期。
生物治理方式仅需几周时间，水体透明度、异味就能明显改观，肉眼可见的变化快到惊喜。
传统治理方式会出现污水和污泥运输过程中可能存在滴漏情况，造成二次污染；受污水厂进水水质要求和处理负荷的影响，可能存在污水无法处理或不能及时处理的现象，延长治理周期；并且底泥需要单独处理。
生物治理方式为水、泥同治，除益生菌外，无需投加化学药剂，治理过程无毒无害，无二次污染问题，治水同时还能保护生态。
传统治理方式成本高。需要土建及设施成本、换水成本、挖泥成本、转运成本、污水和污泥处理成本、藻类水草打捞清运成本、灭蚊蝇成本等。
生物治理方式成本低，平均成本较传统方式降低30%以上。无大型设施投入，节省了大量生态补水资金；节省了污水和污泥的收集、外运、处理成本；节省了藻类水草的打捞清运成本；节省了灭蚊蝇成本。
